s06xe194 – Accelera il consenso

Quando un ricercatore deve raggruppare dei dati, ha una sola strada davanti a sè: utilizzare uno dei tanti metodi cluster. Il clustering è una delle tecniche forse più diffuse per fare questa operazione. Si hanno degli eventi (data), si sceglie una tecnica che identifichi elementi comuni e caratteristiche comuni per creare i gruppi (data sets), e li si unisce per fra loro (clusters). Come si può capire quindi, non è assolutamente indifferente scegliere il metodo giusto per fare un cluster. Andiamo dal fuzzy clustering al clustering esclusivo, fino ad arrivare allo hier e al più celebre k-means. Per la biologia, fra i tanti, ne emerge uno chiamato il consensus clustering. Il consensus però ha un difetto: raggruppa i dati lentamente e quindi rallenta le operazioni di calcolo.

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s06xe189 – E su marte vita sia!

C’era una volta un mare. Quel mare era caldo, ricco di elementi, ed accogliente. Quel mare un giorno incontrò una cometa. Fu amore a prima vista. La cometa rilasciò parte di sè in quel mare, e lui ricambiò crescendo e nutrendo quei piccoli germogli di vita. Da quei piccoli germogli naquero le 4 basi azotate chiamate adenina, guanina, timina e citosina, si legarono ad alcuni pezzi di zucchero, e nacque finalmente la vita come noi la conosciamo con la formazione delle prime molecole di DNA. Non sapremo (forse) mai se questa storia d’amore sia davvero andata così, ma il tentativo della bioastronomia è proprio questo: capire in che modo e con che tempi si sia sviluppata la vita sulla terra, per capire con che modelli studiare la sua comparsa su pianeti esterni alla Terra. Ma dove?

[puntata #189] [mp3 - 320 kbps - 72,1 mb ]

s06xe185 – Al cuor non si comanda

Il nostro cuore è un muscolo autoritmico. Questo significa che, autonomamente, senza chiedere il permesso al cervello, si muove, pulsa, fa le sue funzioni, e, sopratutto, genera e regola la circolazione sanguigna. Tutto questo lo fa grazie ad una piccola e apparentemente insignificante zona: il nodo senoatriale, meglio noto dagli addetti ai lavori come canale peacemaker dal quale si irradiano le scossettine elettriche che lo fanno pulsare. A loro volta le scossettine son generate dai canali ionici posti sulle membrane cellulari, e i canali ionici, a loro volta ancora, sono composti da proteine. Fra tutti i geni che le codificano, uno è il più importante di tutti. Si chiama Hcn4 e codifica le proteine responsabili del corretto funzionamento del canali ionici nel nodo senoatriale. E’ possibile controllare l’on-off degli stimoli elettrici cardiaci? O meglio: è possibile utilizzare il gene Hcn4 come un interruttore?

[episodio #185] [mp3 - 320 kbps - 72,1 mb]

degene-ratti neurali

nel corso degli anni, come gli ascoltatori del fotone sapranno, lo studio e le conoscenze delle malattie neurodegerative sono aumentate a dismisura. un tempo infatti si pensava che il cervello fosse un organo altamente dinamico ma strutturalmente costretto a interrompere la sua crescita e la sua rigenerazione. ora invece, attraverso lo studio delle cellule staminali neurali, la ricerca biomedica è arrivata alla conclusione che il cervello è capace di autorigenerarsi in maniera autonoma. sfuttando il potere delle staminali quindi, in linea del tutto teorica, è possibile indurre all’autocura zone del cervello danneggiate da malattie come sla, parkinson e alzheimer. solo un’idea? e se invece di essere una semplice idea fosse una pratica capace davvero di ricreare sinapsi e tessuti danneggiati?

un piccolo passo per un gene

come può un singolo amminoacido cambiare l’identità sessuale di due piante come la bocca di leone (antirrhinum) o l’arabetta (arabidopsis)? secondo una ricerca pubblicata in open access sui proceedings of the national academy of science (PNAS), una mutazione avrebbe permesso all’amminoacido q173 di aggiungersi alla proteina far e di cambiarne le funzioni, definendo così i caratteri sessuali delle due piante in questione. andando indietro nel tempo come degli archeologi, i 3 ricercatori si son resi conto che questa mutazione è avvenuta non ieri, bensì 120 milioni di anni fa. un piccolo passo per un un gene, un grande passo per una pianta. e non dite che i mad-box non ve l’avevano detto…

tardigrade sarà sua sorella…

essere tardigradi non dev’essere una bella sensazione. piccoli, goffi, anche, diciamolo, un pò bruttarelli, delle dimensioni di circa mezzo millimetro, e con il curioso appellativo di “orsi di mare”. riescono a sopravvivere nella condizioni più estreme, fino a sfiorare le temperature dello zero assoluto. questi esserini hanno potenzialità incredibili, tanto da essere utilizzati come modelli per studi assolutamente all’avanguardia. se n’è parlato (fra gli altri argomenti) al convegno di biologia evoluzionistica che si tiene in questi giorni a milano. un convegno biennale per festeggiare l’anno internazionale della biodiversità che punta a evidenziare e valorizzare le diverse specie animali e le loro differenti caratteristiche.

quanta vita c’è!

siamo abituati ad immaginare un organismo vivente come qualcosa di strutturato (multicellulare), dotato di movimento, capace di riprodursi, alimentarsi, e, più importante fra tutte, capace di respirare e generare quell’energia necessaria per portare avanti tutte le reazioni chimiche che avvengono all’interno della cellula. quando siamo in un organismo eucariota, in presenza di ossigeno (condizioni aerobiche), la respirazione cellulare avviene all’interno dei mitocondri. ma quando siamo in assenza di ossigeno (condizioni anaerobiche), e l’organismo è abbastanza piccolo (mono o pluricellulare), viene “respirato” qualcosa di simile all’ossigeno attraverso delle strutture chiamate idrogenosomi. da oggi abbiamo un tassello in più: almeno un organismo multicellulare (della grandezza di 1/10mm) possiede gli idrogenosomi e vive a 3250m di profondità. sono i phylum loriciferi (spinoloricus, rugiloricus, e pliciloricus).

pillola dello scandalo

nonostante i tanti proclami e la tante discussioni, la legge 194 è probabilmente una delle leggi più complete e istruttive che siano mai state scritte a tutela della salute della donna. la tutela, rispetta i suoi diritti ed i suoi doveri, e si occupa di dare dignità ad una scelta mai facile. nel passato, leghiamo l’immagine dell’aborto del passato ad una pratica realizzata clandestinamente, in cliniche clandestine allestite ad hoc, e con un tasso di sicurezza e pulizia assolutamente poco rispettoso per la donna stessa. ora, da dopo la 194 in poi, possiamo dire che realmente tutto è cambiato. ma che dire allora della pillola ru486?

da pochi giorni, finalmente, l’agenzia italiana del farmaco (aifa) ha autorizzato l’immissione in commercio della pillola ru486 (nota anche col nome del suo principio attivo, il mifeprestone). molti son stati i passaggi, i percorsi, e le battaglie per farla passare in un paese contraddittorio e confessionale come il nostro. ma qual’è il suo protocollo d’uso, quali gli effetti collaterali, quali i richi? ne parlaremo questo sabato in compagnia di silvio viale, medico presso l’ospedale ant’anna di torino. stay tuned!

nonostante i tanti proclami e la tante discussioni, la legge 194 è probabilmente una delle leggi più complete e istruttive che siano mai state scritte a favore della salute della donna. la tutela, rispetta i suoi diritti ed i suoi doveri, e si occupa di dare dignità ad una scelta mai facile. leghiamo l’immagine dell’aborto del passato ad una pratica realizzata clandestinamente, in cliniche allestite ad hoc, e con un tasso di sicurezza e pulizia assolutamente poco rispettoso per la donna stessa. ora, da dopo la 194 in poi, possiamo dire che realmente tutto è cambiato. ma che dire allora della pillola ru486?

gaydar genetico

qualche giorno fa è andata in onda in parlamento una delle pagine più squallide di questa legislatura. il disegno di legge sull’omofobia – meglio noto come legge concia – è stato affossato per un pugno di voti. noi, che non ci occupiamo di politica, abbiamo però deciso lo stesso di trattare questo argomento, ma dal punto di vista scientifico. è un pò di anni che si sente discutere l’intera comunità scientifica se ci sia o no un’origine genetica dell’omosessualità. ma quali punti di verità ci sono, e quanti invece sono invece i punti di propaganda?

chiamali, se vuoi, mi-rna

andiamo un pochino indietro nel tempo. se per caso avete in casa un vecchio libro di biologia, provate ad andare alla sezione dedicata al dna. troverete scritto probabilmente che il suo nome esteso è acido desossi ribonucleico, che è formato da quattro basi azotate, un gruppo fosfato, ed uno zucchero, e poi, sfogliando ancora un pò, leggerete che il dna dice, attraverso gli rna messaggeri, agli organismi viventi come ed in che modo fare le proteine. bene, questa è solo archeologia genetica. in realtà, secondo le conoscenze attuali, fra il dna, l’mrna, e le proteine, c’è un piccolo passaggio intermedio: i micro-rna.